Varhaisimmat tunnetut kirjaukset Nyynäisten kartanosta ovat 1300-luvulta. Nyt, seitsemän vuosisataa myöhemmin, Nyynäisten kartanomaisema  on arvotettu valtakunnallisesti merkittäväksi rakennetuksi kulttuuriympäristöksi. Nykyinen päärakennus on 1700-luvulta, jolloin se rakennettiin everstiluutnantin virkataloksi.

Vanha kivinavetta on rakennettu 1870. Nyynäisissä on ollut keskiajalla komea kivilinna, joka tuhoutui tulipalossa 1500-luvulla. Kenties alun perin juuri tämän linnan seinärakenteissa olleet kivet ovat myöhemmin päätyneet komean navetan vankkojen seinien rakennusaineiksi?